Можно ли поставить штамп РВП в загранпаспорт, если пересек границу по внутреннему паспорту?

Не просто можно ну и нужно. Во внутренние паспорта иностранных граждан, в том числе и граждан Украины, никаких отметок не должно проставляться.В соответствии сПриказом МВД России от 27.11.2017 N 891 «Об утверждении Административного регламента Министерства внутренних дел Российской Федерации по предоставлению государственной услуги по выдаче иностранным гражданам и лицам без гражданства разрешения на временное проживание в Российской Федерации, а также форм отметки и бланка документа о разрешении на временное проживание в Российской Федерации», отметки о РВП проставляются именно в заграничные паспорта, удостоверяющие личность иностранных граждан.